El siglo XVI fue un siglo de cambios tanto geopolíticos como religiosos. Es el siglo en que nace España como la conocemos en la actualidad, su creador fue Felipe II. Su `padre Carlos V, era aún nieto del último rey de la corona de Aragón, una monarquía sin un trono fijo, era Carlos un solo rey de muchos reinos, su hijo era rey de un solo reino o nación España. Esto lleva a unificar con el idioma, creencia, costumbres todo el nuevo reino.
Felipe II, como su antecesor, fue un rey autoritario, continuó con las instituciones heredadas de Carlos I, y con la misma estructura de su imperio y autonomía de sus componentes. Pero gobernó como un rey nacional, España y especialmente Castilla eran el centro del imperio, con su administración localizada en Madrid. Felipe II no visitó apenas sus territorios de fuera de la península y los administró a través de oficiales y virreyes quizá porque temía caer en el error de su padre, Carlos I, ausente de España durante los años de las rebeliones comuneras; quizá porque, a diferencia de su padre, que aprendió muy mayor el español, Felipe II se sentía profundamente español.
- En 1559, Felipe II decidió trasladar la sede de la corte y convirtió a Madrid en la primera capital permanente de la monarquía española. Con anterioridad, probablemente desde antes de su nacimiento en Valladolid en 1527, bajo el reinado de su padre Carlos I, la Corte se encontraba en Valladolid, siendo así hasta 1559. Desde entonces, salvo un breve intervalo de tiempo entre 1601 y 1606, bajo el gobierno de Felipe III, en el que volvió temporalmente la capitalidad a Valladolid, Madrid ha sido la capital de España y sede del Gobierno de la Nación.i
- En 1567 Felipe II encargó a Jerónimo Zurita y Castro reunir los documentos de Estado de Aragón e Italia y juntarlos con los de Castilla en el castillo de Simancas, creando uno de los mayores archivos nacionales de su tiempo.